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一、题目中已经提到，项目的有关审批手续在B名下，这并不防碍合作开发协议的有关及履行。
1、房地产管理法中和公司法中都有土地使用权作出资的规定，土地使用权作为出资是土地使用的方式之一，
2、房地产开发经营条例中关于五证的办理，是项目的手续，并不是合建双方的手续，
就是说，当项目的审批手续在B名下的时候，合作开发协议仍然有效。
二，土地使用权作价出资入股，是土地使用权使用的一种方式，它不是土地转让行为，在出资时，不需要满足25%以上开发投资比例等土地使用转让的条件，但如果把土地转给项目公司D，可能就要满足这样的条件了。
三，在房地产管理法实施前，95年的司法解释第18条规定，一方以土地使用权作为投资与他人合作建房，除办理合建审批手续外，还应输土地使用权变更手续，未办理的一般应认定无效。但已经实际履行了合同，或房屋建成，又无其他违法行为的，可认定有效，并责令补办土地使用权变更手续。
后来在司法实践中有人将合作各方办理了土地使用权变更手续的合作开发称为：联建，把没有办理变更手续的称为：参建。联建 的手续由联建双方联名办理，参的手续由土地提供方名义办理。
2004年的司法解释，不再以是否办理合建审批及土地使用权变更手续作为房地产开发合同是否有效的依据，而是以是否有房地产开发经营资格和土地是是否合法取得为依据。这在本题目中已经设定为成立（如实务操作一定要审查这是点是否成立）。
合同中约定了共同投资、利润分成比例，风险自然是共同负担，符合合作开发房地产的特征。所以本合同现在是有效的。
四，就是我面试时局面答的部分。基于以上理解：投资方C应能控制项目公司的经营，首先是进入项目公司的董事会、或控制董事会，取得公司主要领导人的人事决定权，这点应在合作协议和公司章程中同时作为约定，其次，决定项目公司总经理、总工、财务、预算负责人的人选，因为，投资方C为了保证自己的55%的利润，必需控制公司的利润，防止另一方转移利润。如果公司项目经营结束后帐面显示没有利润，投资方的55%也拿不到。第三、关于项目公司的设置，为保证投资利润的实现，投资方C应该在公司中占大股，如不能，在投票权上必须有大部分投票权，这样才能在法律上保证人事权的行使，还有约定在一定条件下，另一方的股份自动转让给投资方或取得项目的全部股权，保证对项目的控制（详细另文谈）。第四，由于项目的审批手续都 在B名下，为了保证投资方的利益，约定B名下的土地使用权等实体权益向投资方C作抵押，当B违约包括上述方式无效时，投资方可以向B行使抵押权。使B不敢违约。
以上方式也可以以B为对象进行操作，即投资方可以控制了B的投权的方式进行操作，因为土地在B名下。
五，关于诉讼的处理
项目公司的法律定位是附属于合作开发合同的公司，其法律人格在法律上独立，但项目公司对合资或合作合同的依附性和项目公司与合资合作一方的关联性与项目公司的独立法人人格具有矛盾。法院有案例认为合作合同在不涉及第三人利益，与公司章程不冲突的情况下，应被视为公司内部协议，与公司章程具有同等的效力，否认了合同相对性原则对联建合同的适用，即合作合同在项目公司成立的情况下依然有效。
并且，由于项目公司与合作方的关联性，可以（是可以，不是一定）适用法人人格否认，追究关联方的责任。在实践中有这样的判例。
所以如果有开发过程有问题，如开发手续无法取得，合作合同约定面积与规划部门审批焉的面积、层高不同等，可以追究土地提供方的责任。当然也要在合作合同中提前进行约定。
注：以上内容均有出处或案例。
关于投资方的保护方案有各种方式与选择，我写的不是唯一的，在实践中不同的案子，可能会有更多的处理方式。
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